Changeset [bc95b56fc5e2bf1907508463c4b1f58dd2b9fa00] by Michael Barton
August 19th, 2008 @ 02:01 PM
Added new version of bioruby with codeml files http://github.com/michaelbarton/...
Committed by Michael Barton
- M spec/evolutionary_rate.spec.rb
- M vendor/bio/bin/br_bioflat.rb
- M vendor/bio/doc/Changes-1.3.rd
- M vendor/bio/lib/bio.rb
- M vendor/bio/lib/bio/appl/blast/format0.rb
- M vendor/bio/lib/bio/appl/blast/rexml.rb
- M vendor/bio/lib/bio/appl/blast/xmlparser.rb
- M vendor/bio/lib/bio/appl/blat/report.rb
- M vendor/bio/lib/bio/appl/codeml.rb
- M vendor/bio/lib/bio/appl/codeml/rates.rb
- M vendor/bio/lib/bio/appl/codeml/report.rb
- M vendor/bio/lib/bio/appl/paml/codeml.rb
- M vendor/bio/lib/bio/appl/paml/codeml/rates.rb
- M vendor/bio/lib/bio/appl/paml/codeml/report.rb
- M vendor/bio/lib/bio/compat/features.rb
- M vendor/bio/lib/bio/compat/references.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/biosql/biosql_to_biosequence.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/biosql/sequence.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/embl/common.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/embl/embl.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/embl/embl_to_biosequence.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/embl/format_embl.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/embl/sptr.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/fasta.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/fasta/defline.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/fasta/fasta_to_biosequence.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/fasta/format_fasta.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/genbank/common.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/genbank/format_genbank.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/genbank/genbank.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/genbank/genbank_to_biosequence.rb
- M vendor/bio/lib/bio/db/gff.rb
- M vendor/bio/lib/bio/feature.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/biodatabase.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/bioentry.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/bioentry_dbxref.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/bioentry_path.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/bioentry_qualifier_value.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/bioentry_reference.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/bioentry_relationship.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/biosequence.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/comment.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/dbxref.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/dbxref_qualifier_value.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/location.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/location_qualifier_value.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/ontology.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/reference.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/seqfeature.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/seqfeature_dbxref.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/seqfeature_path.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/seqfeature_qualifier_value.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/seqfeature_relationship.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/taxon.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/taxon_name.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/term.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/term_dbxref.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/term_path.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/term_relationship.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/term_relationship_term.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/biosql/term_synonym.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/flatfile.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/flatfile/autodetection.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/flatfile/buffer.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/flatfile/index.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/flatfile/indexer.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/flatfile/splitter.rb
- M vendor/bio/lib/bio/io/sql.rb
- M vendor/bio/lib/bio/reference.rb
- M vendor/bio/lib/bio/sequence.rb
- M vendor/bio/lib/bio/sequence/adapter.rb
- M vendor/bio/lib/bio/sequence/common.rb
- M vendor/bio/lib/bio/sequence/dblink.rb
- M vendor/bio/lib/bio/sequence/format.rb
- M vendor/bio/lib/bio/sequence/format_raw.rb
- M vendor/bio/test/data/codeml/abglobin.aa
- M vendor/bio/test/data/codeml/abglobin.trees
- M vendor/bio/test/data/codeml/config.missing_align.txt
- M vendor/bio/test/data/codeml/config.missing_tree.txt
- M vendor/bio/test/data/codeml/config.txt
- M vendor/bio/test/data/codeml/output.txt
- M vendor/bio/test/data/codeml/rates
- M vendor/bio/test/data/codeml/wag.dat
- M vendor/bio/test/data/paml/codeml/abglobin.aa
- M vendor/bio/test/data/paml/codeml/abglobin.trees
- M vendor/bio/test/data/paml/codeml/config.missing_align.txt
- M vendor/bio/test/data/paml/codeml/config.missing_tree.txt
- M vendor/bio/test/data/paml/codeml/config.txt
- M vendor/bio/test/data/paml/codeml/output.txt
- M vendor/bio/test/data/paml/codeml/rates
- M vendor/bio/test/data/paml/codeml/wag.dat
- M vendor/bio/test/functional/bio/sequence/test_output_embl.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/appl/blast/test_report.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/appl/blast/test_xmlparser.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/appl/codeml/test_rates.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/appl/codeml/test_report.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/appl/paml/codeml/test_rates.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/appl/paml/codeml/test_report.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/appl/paml/test_codeml.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/appl/test_codeml.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/db/embl/test_embl.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/db/embl/test_embl_rel89.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/db/embl/test_embl_to_bioseq.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/db/test_gff.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/io/flatfile/test_autodetection.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/io/flatfile/test_buffer.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/io/flatfile/test_splitter.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/io/test_flatfile.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/sequence/test_dblink.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/test_feature.rb
- M vendor/bio/test/unit/bio/test_reference.rb
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